Pessoas com suspeita de doenças no intestino grosso ou no reto, como úlceras, colite, câncer colorretal, pólipos intestinais, doença de Crohn, retite ou síndrome do intestino irritável.
Para o rastreamento de câncer colorretal, a indicação é que todas as pessoas sem histórico familiar para esse tipo de câncer façam o exame a partir dos 50 anos. Quem tem ou teve familiares com a doença, deve começar a realizar o exame dez anos antes da idade que o parente tinha quando recebeu o diagnóstico do câncer.
A colonoscopia também pode servir como prevenção desse tipo de câncer, pois médico pode, por meio desse exame, detectar e remover pólipos que eventualmente podem evoluir para o câncer colorretal.